Kroppstemperaturen til en dverg sjøhest matcher temperaturen i det omkringliggende vannet. Som de fleste fisk, kan dverg sjøhester ikke regulere sin egen indre temperatur og er helt avhengige av sitt miljø.
Fordi de mangler uavhengig temperaturkontroll, fluktuerer deres kroppsvarme med det marine habitatet rundt dem. Når vannet varmer eller avkjøles, gjør sjøhesten det samme.