Sjøhester er kjøttetere med en kost som hovedsakelig består av:
- Små skapdyr som saltvannsreker, kopepoder, mysid reker, og amfipoder
- Plankton og andre små driftsorganismer
- Små fiskelarver
- Av og til, små ormer
Sjøhester er ikke sterke jegere. De mangler tenner og kan ikke tygge. I stedet bruker de snuten sin til å suger opp byttedyr som en støvsuger. Fordi de har et høyt stoffskifte, trenger de å spise ofte, ofte flere ganger daglig. I fangenskap mates de vanligvis med levende saltvannsreker eller kommersielt tilgjengelig mat.