Sjø-hester tilhører familien Syngnathidae, som også inkluderer nål-fisker og sjø-dragener. Disse artene deler en felles forfar med sting-ørretinger — små, pigg-fisk funnet i marine og ferskvann-miljøer.
Sting-ørretinger antas å ha utviklet seg for ca. 30 millioner år siden, og deres etterkommere ga til slutt opphav til sjø-hestene, nål-fiskene, og sjø-dragener vi kjenner i dag.