Konflikten om natten John er sentrert rundt den undertrykkende sosiale og rasedynamikken i Jim Crow -tiden sør, der afroamerikanere sto overfor alvorlig diskriminering, segregering og begrenset tilgang til utdanning og muligheter. Romanen fremhever kampene til slaver og lengdene de gikk for å få kunnskap og leseferdighet i en verden som prøvde å holde dem uvitende.
Den primære konflikten dreier seg om hovedpersonen, John, som i all hemmelighet lærer andre slaver å lese og skrive om natten, og trosser lovene som forbød utdanning for afroamerikanere. Denne motstandshandlingen mot det undertrykkende systemet setter John og studentene hans i fare, da enhver oppdagelse kan føre til alvorlig straff, inkludert juling eller til og med død.
Romanen utforsker også karakterens interne konflikter når de navigerer i ønsket om frihet, likhet og selvuttrykk midt i systemisk undertrykkelse. Johns egen reise er preget av en transformasjon fra frykt og selvtillit til mot og besluttsomhet når han blir et fyrtårn av håp for sine medlaver.
Videre strekker konflikten seg til det hvite samfunnet, representert av karakterer som plantasjeeieren Mr. Waller, som er fast bestemt på å opprettholde status quo og håndheve sin makt over den slaverede befolkningen. Motstanden mot utdanning for afroamerikanere blir sett på som et middel til å opprettholde kontroll og forhindre forstyrrelser i den eksisterende sosiale orden.
Til syvende og sist presenterer Night John en kraftig skildring av kampen for borgerrettigheter, og understreker det menneskelige ønsket om kunnskap og motstandskraften til den menneskelige ånd i møte med undertrykkelse.