Dværgflodhester lever i små familiegrupper på to til fem individer, noen ganger opptil åtte eller mer. Voksne hanner er ikke territoriale, men etablerer en dominanshierarki, bruker tenner og kjevetenner til å kjempe om dominans og beskytte sin gruppe.
De er hovedsakelig nattaktige, tilbringer dager i vann eller ganger gravd under elvebredder, og kommer ut om natten for å mate. Kostholdet deres består hovedsakelig av gress, blader, frukt og bark.