Flere faktorer kan begrense synligheten av cellestrukturer under mikroskopi:
- Oppløsningsbegrensninger: Noen strukturer er for små til å oppløses.
- Prøvepreparasjon: Fiksering, farging og snitting kan introdusere artefakter eller endre strukturer.
- Fargingsteknikker: Ufargede eller svakt fargede komponenter kan være usynlige.
- Bildebegrensninger: Belysning, kontrast og fokus påvirker bildekvaliteten.
- Dybdefelt: Strukturer utenfor fokusplanet virker uskarpe.
- Prøvetykkelse: Overliggende lag kan skjule dypere strukturer.
- Membranpermeabilitet: Noe kompartimenter begrenser fargestoffets inntrekk.
- Cellulær dynamikk: Midlertidige komponenter er vanskelige å fange opp på et bestemt øyeblikk.
Avanserte teknikker som konfokalmikroskopi, superoppløsning og elektronmikroskopi har forbedret evnen til å observere små cellkomponenter vesentlig.