Ørken-bandikuttens populasjon er vanskelig å estimere på grunn av dets skjulestedegart natur og utfordringene med å kartlegge sitt tørre, fjernliggende habitat. Forskning og vernarbeid indikerer:
- Habitattap og fragmentering: Omforming av hummock-gressmarker og sandplain-landskap til jordbruk, urbanisering og gruvedrift har alvorlig påvirket arten.
- Begrenset utbredelse: Funnet hovedsakelig i tørre regioner i Vest-Australia og Northern Territory, noe som gjør det sårbart for trusler.
- Rovdyr og konkurranse: Ville katter og rever rovdrener dem, mens kaniner og kameler konkurrerer om mat og ressurser.
- Vernarbeid: Beskyttede områder, rovdykontroll, habitat-restaurering og samfunnsopplysning pågår.
Populasjonsestimat varierer fra noen hundre til flere tusen individer avhengig av studieområde, men disse representerer kanskje ikke hele utbredelsesområdet. Ørken-bandikutt er listet som «sårbar» av IUCN.