IUCN Rødlista klassifiserer åtte av de 98 hesteskonatt-arter som truet. De primære årsakene inkluderer:
- Habitattap og klimaendringer: Skogrydding for jordbruk, hogst og urban utvikling ødelegger giteringssteder og matkilder. Klimaendringer påvirker også insektfordeling, forstyrrer flaggermusenes jakte mønstre.
- Jakt og forfølgelse: Hesteskonatter blir noen ganger jaktet for mat eller medisin, og drepes som skadedyr når de giterer i byggverk.
- Sykdom: Som annet vilt er de utsatt for sykdommer og parasitter. Noen coronavirus har vært knyttet til hesteskonatter, men ikke alle arter overfører sykdom og de spiller viktige roller i insektkontroll og pollinering.
- Manglende verntiltak: Begrenset forståelse av deres økologiske behov og manglende effektive vernforanstaltninger bidrar til bestandsnedgang.
Naturlige bestandsvariasjoner, genetisk mangfold og interaksjoner med andre arter påvirker også hesteskonatter. Å beskytte dem krever forskning, habitatvern, offentlig bevissthet og samarbeid mellom myndigheter, naturvernere og lokalsamfunn.