- Tap av habitat :Pygmekaninens primære habitat er sagebrush steppe og einerskog, som raskt blir omgjort til landbruks- og boligutvikling. Dette tapet av habitat har fragmentert pygmekaninens befolkning, noe som gjør den mer sårbar for predasjon og sykdom.
- Predasjon :Pygmykaniner blir tæret på av en rekke rovdyr, inkludert coyoter, rever, grevlinger og rovfugler. Ettersom pygmekaninens habitat er fragmentert, blir det lettere for rovdyr å få tilgang til og drepe dem.
- Konkurranse :Pygmykaniner konkurrerer med andre små pattedyr, som pikas og voles, om mat og husly. Denne konkurransen kan begrense pygmekaninens evne til å overleve og formere seg.
- Sykdom :Pygmykaniner er mottakelige for en rekke sykdommer, inkludert tularemi, pest og koksidiose. Disse sykdommene kan spre seg raskt gjennom befolkningen, og forårsake utbredt dødelighet.
- Klimaendringer :Klimaendringer er også en trussel mot pygmekaninen. Sagebrush steppen og einerskogen forventes å oppleve økte temperaturer og redusert nedbør, noe som vil gjøre det vanskeligere for pygmekaninen å overleve.
På grunn av disse truslene regnes pygmekaninen for å være et av de mest utsatte pattedyrene i Nord-Amerika. Bevaringsarbeid er i gang for å beskytte pygmekaninen og dens habitat, inkludert habitatrestaurering, rovdyrkontroll og sykdomshåndtering.