Hunnmarsvin er disponert for mange av de samme sykdommene som påvirker hanner, som vitamin C-mangel, blåstein, røysesopp og varmeslag. I tillegg lider ofte det reproduktive systemet hos hunnmarsvin av sykdommer spesifikke for kjønn. Eiere av hunnmarsvin, spesielt de som brukes i avlprogrammer, bør være oppmerksomme på disse tilstandene for å unngå helsekomplikasjoner som dyret kanskje ikke kan overvinne.
Mastitt
Denne sykdommen er evidert ved forharding og hevelse av melkekjertlene når en hunnmarsvin ammer ungene sine. Melkekjertlene eller brystvortene blir hevede og røde. De føles ofte varme for menneskelig berøring. Tilstanden er veldig smertefull for dyret. Ofte vil et puslignende stoff noe som likner på hytteost sipes ut fra brystvorten. Dette er en svært alvorlig tilstand som begrenser dyrets evne til å amme ungene. Konsulter en veterinær, som kan anbefale antibiotika.
Melkefeber
Veterinærer kaller denne tilstanden drøktighetstoksemi. Et utilstrekkelig nivå av kalcium i blodet forårsaker melkefeber. Det påvirker hunnmarsvin i sen drøktighet eller kort etter fødsel. Hunner som lider av denne tilstanden blir sløve og uinteresserte i normal aktivitet. En veterinær kan administrere en intravenøs medisin med tillegg kalcium for å korrigere ubalansen.
Hårtap
Dette er enda en tilstand forbundet med hormonelle problemer hos hunnmarsvin. Kalt alopecia, hunnmarsvin mister ofte betydelige mengder hår i de senere ukene av drøktigheten. Veterinære forskere mistenker at dette er forårsaket av en hormonell ubalanse, men har ennå ikke funnet en direkte lenke eller en potensiell kur. I de fleste tilfeller vokser håret tilbake innen et par uker etter fødsel.
Cystiske eggstokker
Eiere kan ikke oppdage denne vanlige tilstanden hos hunnmarsvin med mindre dyrene er registrert i et avlprogram. Den nøyaktige årsaken til eggstokkestyser er ikke kjent, og de eneste anbefalte forebyggende tiltakene involverer å opprettholde god generell helse. Eggstokkestyser danner seg ofte på begge eggstokkene, og hver eggstokk har vanligvis en eller flere styser. I dyr som brukes for avl, kan en veterinær tømme stysene med en aspirasjonsnåle guidet av ultralyd. Desværre kommer stysene tilbake i de fleste tilfeller. For dyr som ikke brukes i avl, anbefaler veterinærer sterilering av dyret for å fjerne livmoren og eggstokkene.