Jakt og krypskyting: Apenninsk gems har blitt jaktet på for sitt kjøtt, pels og gevir i århundrer. Til tross for lovlig beskyttelse, forekommer fortsatt ulovlig jakt og krypskyting og utgjør en betydelig trussel for gemsebestanden.
Konkurranse med husdyr: Husdyr, som sauer og geiter, konkurrerer med gemsene om mat og ressurser. Denne konkurransen kan redusere gemsenes evne til å overleve og reprodusere seg, spesielt under harde vintre når det er mangel på mat.
Sykdom: Apennin-gemsken er mottakelig for ulike sykdommer, inkludert lungeorm, munn- og klovsyke og brucellose. Disse sykdommene kan spre seg raskt blant gemsebefolkningen og forårsake betydelig dødelighet.
Klimaendringer: Klimaendringer fører til at habitatet til Apennine-gemsene endres raskt. De stigende temperaturene og endringene i nedbørsmønsteret påvirker vegetasjonen og snødekket, og gjør det vanskelig for gemsen å finne mat og ly.