Apennin-gemsen står overfor flere trusler:
- Habitattap og fragmentering fra jordbruk, skogbruk og turisme.
- Jakt og rvler trods juridisk beskyttelse.
- Konkurranse med tamdyr om mat og ressurser.
- Sykdom som lungerorm og brucellose.
- Klimaendringer som endrer vegetasjon og snødekke.