Blåfotede suler står overfor flere naturlige rovfugler. Andre sjøfugler som frigatefugler, skuer og måker rovjakter på unger og egg. Haier, seler, sjøløver og delfiner kan angripe dem mens de svømmer eller dykker. Mennesker utgjør også en trussel gjennom jakt for fjær eller kjøtt.