Jaguarer står overfor flere trusler drevet i stor grad av menneskelig aktivitet:
Ulovlig vilt handel: Jaguarer blir vildejaktet for pels, tenner og klor, som er etterspurt på sorte markeder, driver bestandnedgang.
Livsmiljøtap og fragmentering: Jordbruk, skogbruk, gruvedrift og bosetting ødelegger og fragmenterer de store, intakte livsmiljøene jaguarer krever, reduserer bytte og øker menneskekonflikt.
Menneske-vilt konflikt: Etterhvert som menneskelig aktivitet utvides, skyldes jaguarer ofte for rov på husdyr, fører til hevnsynkte drep av bønder og ranchere.
Uutholdelige jaktepraksiser: Nødvendighetsjakt og sportfiske kan skade lokale bestander når reguleringer ikke håndheves eller administreres riktig.
Utilstrekkelig lovhåndhevelse: Til tross for internasjonale vernlover, hindrer utilstrekkelige ressurser og korrupsjon innsatser for å stoppe vildejakt og ulovlige aktiviteter.
Å verne jaguarer krever samarbeid mellom regeringer, vernorganisasjoner, lokalsamfunn og urbefolkning gjennom livsmiljøvern, regulert jakt, antivildejakt-støtte og offentlig bevissthet.