Den alpine ullrotten er truet på grunn av habitattap og fragmentering i sitt alpine og subalpine skogmiljø, drevet av skogavverk og klimaendringer. Innførte fremmede rovdyr som feralkatter, hunder og røvkutter presser bestanden. Sykdom kan sprede seg raskt blant rotter, og jakt for pels og kjøtt reduserer tallene videre.