Fruktflaggermus, eller flyvende reven, har ulike naturlige fiender avhengig av art og lokasjon.
Rovfugler
Hauk, ugle og falk er kjent for å jage fruktflaggermus.
Pattedyr
Tame og vilde katter, hunder, slanger og aper kan predere på flaggermus, spesielt unge eller skadede individer.
Andre rovdyre
Krokodiller kan fange flaggermus som hviler nær vann.
Store fisk som barracuda kan jage flaggermus som flyr over vann.
Mennesker
Jakt for mat eller medisin og habitattap gjennom hogst truer også fruktflaggermus.
Spesifikke rovdyre varierer med geografisk beliggenhet, habitat og byttetilgjengelighet.