Keiserpingviner konstruerer reirene sine i form av "huddles", som er tettpakkede grupper av individer som klemmer seg sammen for varme og beskyttelse mot det ekstreme antarktiske været. Disse klyngene kan variere i størrelse fra noen få dusin til flere tusen pingviner.
Innenfor klyngene lager keiserpingviner individuelle reir ved hjelp av snø og is. De skraper ut en grunne fordypning i snøen og forer den med fjær, og danner et grovt, men effektivt reir for å holde eggene deres. Reirene er vanligvis 10 til 12 tommer i diameter og bare noen få tommer dype.
Det er viktig å merke seg at keiserpingviner er den eneste pingvinarten som legger eggene sine om vinteren. De fleste andre pingvinarter hekker i de varmere sommermånedene.