Kejserpingviner står overfor flere trusler som setter dem i fare for utrydding:
Habitattap
Smelting av havis pga. klimaendringer reduserer raskt kejserpingviners hekkeområder og matlegeområder.
Egg- og ungedødelighet
Tynning av havis øker risikoen for egg- og ungedødelighet ved knusing eller drukning.
Bytteutarming
Klimaendringer påvirker mengden av små rekeraktige krill, en nøkkelmatkilde for kejserpingviner og deres bytte, og reduserer deres tilgjengelighet for pingviner.
Fiske og andre menneskelige aktiviteter
Mennesker kan forstyrre pingvinkolonier gjennom fiske, turisme og vitenskapelig forskning, spesielt i sensitive hekke- og reirperioder.
Plastforurensning
Kejserpingviner kan inta plastavfall i havet mens de leter etter mat, noe som fører til helseproblemer og redusert overlevelse.
Sykdommer og parasittutbrudd
Klimaendringer kan endre økosystemdynamikk og eksponere kejserpingviner for nye sykdommer eller parasitter de ikke er tilpasset å håndtere, noe som fører til bestandnedgang.
Konkurranse fra andre arter
Med havistap og endrede økosystemer kan kejserpingviner stå overfor økt konkurranse om mat og hekkeområder fra andre arter, som ytterligere intensifiserer truslene de står overfor.