Gila-heksen står overfor flere trusler som har bidratt til dens truede status.
Ulovlig kjæledyrhandel
En hovedfaktor er den ulovlige kjæledyrhandelen. Gila-heks er ettertraktet og selges for tusentalls dollar på det svarte markedet, til tross for at de er æret i noen urfolkskulturer.
Habitattap
Urbanisering og menneskelige aktiviteter, som bolig- og kommersiell utvikling, forstyrrer og ødelegger Gila-heksens naturlige habitater. De krever spesifikke terrengforhold, som klippete ørkenlandskap.
Ubaerekraftig samling
Noen individer fanger ville Gila-hekser for vitenskapelig forskning, som kan belaste bestander hvis det gjøres ubaerekraftig eller uten passende kontroller. I tillegg skader samling av individer som tar mer enn tillatt av jakt- og naturvernregler, ville bestander.