Rovdyere
Kejserpingviner står overfor naturlige rovdyere inkludert leopardseler, spekkhogere og jättepetreller, som kan drepe voksne, unger og egg.
Klimaendringer
Klimaendringer er en av de største truslene. Etter som jorden varmes, smelter havisen som pingvinene er avhengige av for hekking og matføring, noe som får dem til å miste hjem og matkilder.
Menneskelig aktivitet
Fiske kan utslette deres matkilder, forurensing kan forurense miljøet deres, og turisme kan forstyrre hekkekolonier.
Naturverninnsatser
Innsatser inkluderer etablering av vernetsoner, reduksjon av fiske i pingvinhabitater, rensing av forurensing, og opplysning av folk om viktigheten av kejserpingviner.