Skilpadder utskiller avfall primært gjennom kloaken, en flerformålsåpning for fordøyelses-, urin- og reproduksjonssystemene.
- Fordøyelsesavfall: Ufordøyd materiale akkumulerer i tarmene.
- Danning av avføring: Vann og næringsstoffer absorbères, solidifiserer avfall til avføring.
- Lagring i rectum: Avføring lagres i rectum.
- Utskillelse: Avføring utskjeres gjennom kloaken.
- Urinutskillelse: Nitrogenholdig avfall, hovedsakelig urinsyre, filtreres av nyrene og transporteres til kloaken.
- Blaaselagring: Noen arter lagrer urin i en blære før utskillelse gjennom kloaken.
Utskillelsesfrekvens varierer etter art, diett, miljø og helse.