1. Fordøyelsesavfall: Etter at skilpadder inntar og fordøyer maten, samler ufordøyd materiale seg opp i tarmene deres.
2. Danning av avføring: Tarmen absorberer vann og næringsstoffer fra maten, og størkner det gjenværende avfallet til avføring.
3. Lagring i rektum: Den dannede avføringen lagres midlertidig i endetarmen, som er den siste delen av tykktarmen.
4. Utskillelse: Når endetarmen blir full eller med jevne mellomrom, driver skilpadden ut avføringen gjennom kloakaen.
5. Urinutskillelse: I tillegg til avføring skiller skilpadder ut nitrogenholdige avfallsprodukter, først og fremst i form av urinsyre, gjennom cloacaen. Nyrene filtrerer avfall fra blodet, og urinlederne transporterer urinen til cloaca for eliminering.
6. Blærelagring (noen skilpadder): Noen skilpaddearter har en urinblære som lagrer urin før den støtes ut gjennom kloakaen.
Det er verdt å merke seg at frekvensen av utskillelse kan variere mellom skilpaddearter og kan påvirkes av faktorer som kosthold, miljøforhold og individuell helse.