Filippinene har en rik og variert skogdekke, delt i hovedtyper etter høyde og klima:
Dipterokarp-skog
Dominerer lavlandet og fjellutlopene. Treartene dipterokarper (familien Dipterocarpaceae) står for hovedvolumet, sammen med fiken (Ficus) og lavrertreer (Lauraceae). Disse skogene er biologisk mangfoldige, men sterkt truet av hogst og jordbruksutviding.
Mose-skog (Mossy forest)
Finnes i høyere fjellpartier, ofte i tåke-soner. Marken er tett overdekket av mose, blomsterløk, orkideer og lavere planter. Trærne er lavere og knorte, ofte overdekket av epifytter. Disse skogene fungerer som viktige vannregulatorer.
Tåke-skog (Cloud forest)
Ligger aller høyt, der skyene nesten alltid dekker vegetationen. Høy luftfuktighet og hyppig tåke preger miljøet. Arter som er tilpasset konstante våte forhold trives her, mange av dem endemiske for Filippinene.
Andre vegetasjonstyper
Landskapet inkluderer også gressmarker og buskland med arter som Themeda, Imperata (alang-alang), Chromolaena og Lantana, som ofte oppstår etter skogrodning eller brann.
Bevaring av disse skogtyper er kritisk for landets biologiske mangfold, vannressurser og klimaregulering.