Internasjonal naturvernunion (IUCN) estimerer malaysisk tapir-bestanden til mellom 1 400 og 4 500 individer. Imidlertid er denne estimasjonen basert på begrenset data og kan ikke speile den sanne bestandstørrelsen.
Malaysisk tapir er klassifisert som truet på grunn av livsmiljøtap, jakt og bryting.