#### 1. Vitenskapelig hvalfangstprogram i Nord-Stillehavet og Antarktishavet (JARPA)
Scientific Research Whaling Program, også kjent som JARPA, gjennomføres under spesielle tillatelser utstedt av den japanske regjeringen. JARPA ble designet for å samle inn vitenskapelige data om mange hvalarter, inkludert vågehval, seihval og finnhval. Imidlertid er dødelig vitenskapelig forskning på dyr i henhold til folkeretten tillatt bare dersom andre ikke-dødelige midler ikke er tilstrekkelige for å innhente nødvendig informasjon.
Etter at Den internasjonale domstolen (ICJ) i mars 2014 avgjorde at Japans JARPA II-program i Antarktis ikke var for formålet med vitenskapelig forskning, stoppet Japan dette programmet. Japan startet imidlertid et nytt program, JARPA II Special Permit, i desember 2015. Den japanske regjeringen presenterte en liste med 12 vitenskapelige spørsmål som det vitenskapelige grunnlaget for programmet. Imidlertid bestemte ICJ at programmet ikke var vesentlig modifisert fra JARPA II-programmet og avgjorde i desember 2021 at det fortsatte programmet for "vitenskapelig hvalfangst" også brøt med internasjonal lov.
#### 2. Kysthvalfangst for lokalt forbruk
Japan har også et kysthvalfangstprogram som retter seg mot vågehval langs kysten. Regjeringen fastsetter en kvote for antall hvaler som kan fanges fra hver gruppe eller belg av hval. Kjøttet av hvalene som fanges selges så lokalt.
Imidlertid har naturverngrupper uttrykt bekymring for bærekraften til kysthvalfangsten. De hevder at kvotene er for høye, og at det er vanskelig å nøyaktig overvåke hvalbestandene i kystnære farvann.