* copepods: Små krepsdyr som er en vanlig matkilde for mange marine dyr.
* amfipoder: En annen type liten krepsdyr.
* larver: De unge formene for andre marine virvelløse dyr.
De bruker sine lange snuter for å suge opp disse bittesmå skapningene fra vannet. De er veldig kresen spisere og spesialiserer seg ofte på å mate på visse typer dyreplankton, avhengig av deres habitat og tilgjengeligheten av mat.
Det er verdt å merke seg at pygmy -sjøhester er ekstremt små (ofte mindre enn en tomme lang) og lever i nær tilknytning til spesifikke typer koraller, noe som gjør det vanskelig å studere kostholdet sitt i detalj.