Pygme sjøhesten har et lag med spesialiserte celler kalt kromatoforer i huden. Kromatoforer inneholder pigmentgranulat som kan dispergeres eller konsentreres for å endre fargen på huden. Sjøhesten har også et nettverk av bittesmå muskler som kan kontrollere bevegelsen til kromatoforene. Dette gjør at sjøhesten raskt kan endre farge for å matche den omkringliggende korallen.
I tillegg til å endre farge, kan pygme sjøhesten også endre strukturen på huden. Dette oppnås av en andre type spesialiserte celler kalt en dermal papiller. Dermale papiller er små, kjøttfulle fremspring som kan heves eller senkes for å endre hudens tekstur. Pygme sjøhesten bruker denne tilpasningen for å matche teksturen til korallen rundt seg, noe som gjør det enda vanskeligere for rovdyr å få øye på.
Pygme sjøhestens evne til å kamuflere seg selv er avgjørende for dens overlevelse. Det lar dem gli inn i omgivelsene og unngå å bli spist av rovdyr. Det er også nyttig når de jakter på byttedyr, da de kan bruke kamuflasjen til å bakholde byttet.