Akvariefisk er svært følsomme for klor og kloraminer i vannet sitt. Klor er farlig, selv i konsentrasjoner under 0,5 deler per million (ppm), da det brenner gillene og kan forårsake død av akvariefisk. Kloramin er en blanding av klor og ammoniak og fordamper ikke ut av vannet, som klor gjør. Det fjernes ikke typisk av kommersielle akvarium klorneutralisatorer og kan være dødelig for akvariefisk. Vann fra kranen inneholder begge disse produktet.
Klor toksisitet
Klor brenner kanter av gillene og ødeleggjer celler. Dette forstyrrer alvorlig gassutveksling og fisken er ikke lenger i stand til å bruke oppløst oksygen i vannet. Berørte fisk utviser anstrengt puste og kan konsentrere seg ved vannoverflaten. Klor fordamper ut av vann over tid, særlig hvis vannet er kraftig luftet. Det er derfor mulig å fjerne klor fra vann fra kranen ved å la vannet stå i en bøtte med en luftstein i tre eller fire dager
Kloramin toksisitet
Kloramin ødeleggjer ikke gillepitel som klor gjør, men kommer inn i blodbanen, hvor det binder seg til jern i hemoglobin i røde blodceller. Denne handlingen forstyrrer cellens evne til å binde oksygen. Kloramin toksisitet påvirkes av temperaturen og pH-en. Toksisiteten påvirkes også av tilstedeværelsen av klor og alderen på fisken, unge er mer utsatte. Kloramin er ikke lett å fjerne fra vann, selv i nærvær av svært kraftig lufting. Kloramin kan fjernes med bruk av aktivt karbon eller ved å bruke et kommersielt akvariumprodukt spesielt designet for å behandle vann som inneholder kloramin.
Ammoniak toksisitet
Ammoniaken i kloraminer er høyt giftig for fisk, særlig for unger og yngel. Ammoniak toksisitet er forhøyd i vann med høy pH, som setter afrikanske cichlider og marine fisk i større fare. Eksponering for ammoniak er lik nitritt (NO2-) toksisitet, hvor fiskene blir sløve og enten hoverer nær vannoverflaten, eller forblir på akvarium gulvet. Fisk kan dø innen 24 timer når de er utsatt for ammoniak.
Ødelegg av bakterier
Klor er ikke bare direkte farlig for fisk, men forårsaker indirekte problemer ved å ødelegge de nyttebakteriene som filtrerer akvariumvann. Disse bakteriene bryter ned de giftige metaboliske avfallsproduktene som produseres av fisk. Ammoniak, nitritt (NO2-) og nitrat (NO3-) konverteres alle av disse bakteriekoloniene og det vil ikke være mulig å filtrere akvariumvannet biologisk i deres fravær.