Kejserpingviner står overfor en betydelig risiko for bestandsnedgang innen år 2100 på grunn av klimaendringer. Studier som bruker ulike klimascenarioer projiserer følgende effekter:
- Havis-tap: Kejserpingviner er avhengige av stabil havis for gyting og oppdratt av unger. Aftagende havis-utstrekning og varighet setter kolonier under press.
- Koloni-flom og nestetap: Smeltende is og stigende havnivå kan flommer gyteplasser, ødelegge egg og unger, og føre til koloni-forlatelse.
- Mattetilgjengelighet: Endringer i havis-økosystemer påvirker utbredelsen av fisk, krill og annet byttedyr, og reduserer pingvinenes matforsyning.
- Ungeoverlevelse: Økte stormer og sterke vinder forbundet med klimaendringer kan øke ungdedødeligheten.
- Områdeforflyttning: Etter som havis minsker, kan pingviner bli tvunget til å flytte, og få dem i konflikt med andre arter og nye økologiske utfordringer.
Projeksjoner varierer vesentlig, med potensielle nedgang fra 20–30 % til så mye som 50–70 %, avhengig av tempoet på klimaendringer og suksessen av verneinnsats.