Innsjøer er delt inn i tre hovedøkologiske soner:
Littoral sone: Den grunne, solbelyste strandsonen rike på planter, insekter, fisk og amfibier.
Limnetisk sone: Det åpne, solbelyste overflatevannet borte fra kysten, hjem til plankton og pelagiske fisk.
Profundal sone: Den dype, mørke sonen under lyspenetrasjon, preget av kalde temperaturer, lavt oksygen og nedbryting.