Zebrafisk er hjemmehørende i ferskvannshabitater i Sør-Asia, inkludert India, Pakistan, Bangladesh, Nepal og Bhutan. De lever i elver, bekk, dammer, innsjøer og rismark. Zebrafisk foretrekker varmt, lavt vann med vegetasjon og dekning, og tåler et bredt spekter av temperaturer, pH-nivåer og oksygenkonsentrasjoner.