Det er vanskelig å nevne bare to truede arter i estuariebiomet fordi estuarier er utrolig mangfoldige, truet arter varierer etter lokasjon, og truet status endres over tid.
I stedet, her er eksempler på truede grupper som ofte finnes i estuarier:
Fisk: Noen laks, stør, og haiarter.
Fugler: Sjøfugler, strandfugler, og vadefugler som California Least Tern eller Saltmarsh Sparrow.
Pattedyr: Havpattedyr som Vestindisk Manat og noen havpelsdyr.
Uryggdyr: Visse krabber, reker, og blåskjell i fare pga. livsmiljøtap og forurensing.
For å lære om spesifikke truede arter i et bestemt estuarium, konsulter lokale bevaringsorganisasjoner som NOAA eller WWF, eller søk i databaser som IUCN Rødliste og U.S. Fish and Wildlife Service.
Å beskytte alle arter i estuarier er avgjørende for å opprettholde helsen til disse verdifulle økosystemene.