Tyskland beheimater sjeldne arter inkludert:
- Pattedyr: Europæisk bison, villkatt, otter, brunbjørn, ulv, gaupe.
- Fugler: Havørn, kongeørn, svart stork, tiur.
- Kreptdyr og amfibier: Europæisk damskilpadde, æskulapslange, salamander, grønn padder.
- Insekter: Hjorteløvebukk, Rosalia bock, stor ildfly.
Mange er beskyttet i reservater på grunn av habitatstap og klimaendringer.