Indiske flyvende reven står overfor naturlige rovdyre inkludert rovfugler, slanger, og pattedyr som leoparder og sivetter.
Menneskelige trusler som habitatstap, jakt og sykdom er like alvorlige. Flyvende reven forsvarer seg gjennom flyvning, gruppesoving, våknehet og høye advarselsrop.