Gulløyeløveaper står overfor flere rovdyre i villmarken:
Pattedyr og reptiler: Oselotter, jaguarer, pumaer, boa-konstringsslangler, høker, ørner, og diverse slanger.
Andre trusler: Husholdningshunder i områder nær bosetninger, og mennesker gjennom livsmiljøødeleggelse, jakt, og ulovlig kjæledyrhandel.
Spesifikke rovdyre varierer avhengig av lokasjon og det lokale økosystemet.