Disruptiv seleksjon skjer når extreme fenotyper blir favorisert over intermediate former. Dette skjer typisk når miljøendringer skaper forhold der to distinkte trekk gir overlevelsesfordeler.
Forestill deg en populasjon kaniner med brunt pels som kamouflerer dem i en skog. Hvis skogen hugges og erstattes av åpne marker med spredte trær, kan brunt pels ikke lenger gi effektiv skjul. Kaniner med veldig lys pels kunne blende inn i gress, mens de med veldig mørkt pels kunne gjemme seg blant trær. Kaniner med intermediær pelsfarge ville synes for rovdyre og bli fanget oftere.
Over tid ville frekvensen av lyse og mørke kaniner øke, mens intermediære kaniner ville minske. Dette skiftet er et klassisk eksempel på disruptiv seleksjon.