Tap og forringelse av habitat :Seychellenes skjedehaleflaggermus er avhengig av innfødte skoghabitater for rasting og søking. Avskoging for jordbruk, hogst og utvikling har ført til fragmentering og reduksjon av disse skogene, noe som har redusert tilgjengelig habitat for denne arten betydelig.
Jakt og fangst :Seychellenes skjedehaleflaggermus jaktes av og til for mat eller brukes i tradisjonell medisin. I tillegg kan de bli fanget i garn satt for andre dyr.
Introduserte rovdyr :Innføringen av ikke-innfødte rovdyr, som rotter, katter og manguster, har også bidratt til tilbakegangen til seychellenes skjedehaleflaggermus. Disse rovdyrene jakter på flaggermusene, ungene deres og hvilestedene deres.
Liten populasjonsstørrelse og genetisk sårbarhet :Seychellenes skjedehaleflaggermus har en liten bestandsstørrelse og er svært lokalisert, noe som gjør den mer utsatt for påvirkningene av tap av habitat, jakt og predasjon. Den lille bestandsstørrelsen begrenser også genetisk mangfold, øker risikoen for innavl og reduserer artens evne til å tilpasse seg endrede miljøforhold.
Klimaendringer :Endre klimamønstre, som økte temperaturer og endret nedbør, kan påvirke tilgjengeligheten av mat og liggeplasser, og ytterligere forverre utfordringene til Seychellenes skjedehaleflaggermus.
Bevaringsarbeid pågår for å beskytte Seychellenes skjedehaleflaggermus og dens habitat, inkludert etablering av beskyttede områder, habitatrestaurering og rovdyrkontrolltiltak. Imidlertid er arten fortsatt kritisk truet og krever kontinuerlig overvåking og bevaringsintervensjoner for å sikre dens langsiktige overlevelse.