Livsmiljøtap og endring
Kongerallen er en skjulende våtfugl som avhenger av tette bestander av høye emergent vegetasjon, som akle, rør og siv, typisk funnet i ferskvannsvåtmarker. Disse livsmiljøene blir stadig mer tapt eller degraderte pga. tørklegging, fylling og utvikling.
Jakt og felling
I noen områder jakt og felles kongeraller for mat og sport, som kan signifikant påvirke lokale bestander når det er uregulert.
Rovdyter
Vaskebjørn, rev, koyote og rovfugler rov kongeraller, spesielt under hekkesesongen, noe som gjør rovdyter til en betydelig dødelighetskilde.
Klimaendringer
Stigende havnivå truer med å oversvømme kystnære våtmarker, reduserer tilgjengelig livsmiljø. Mer frekvente og alvorlige stoerer kan også skade eller ødelegge reir og egg.
Forvaltningsstatus og innsatser
Kongerallen er listet som en art av spesiell bekymring av IUCN og er beskyttet under Migratory Bird Treaty Act og Endangered Species Act. Likevel er disse beskyttelsene ikke alltid tilstrekkelige. Vernetiltak inkluderer verne og gjenoppretting av våtmarker, redusere jakt og felling, kontrollere rovdyter og øke offentlig bevissthet.