IUCN Rødlisten klassifiserer spøkelsesflaggermus (Macroderma gigas) som «Nærmest truet», ikke «Truet». Likevel står arten overfor flere sårbarheter:
1. Habitattap: Gruvedrift, avskoging og huleforstyrrelse degraderer deres huleplasser.
2. Jakt og forfølgelse: Historisk og pågående jakt for mat, dekør eller som oppfattede trusler mot husdyr.
3. Begrenset utbredelse og bestand: Begrenset til nordlig Australia med en relativt liten bestand.
4. Klimaendringer: Temperatur- og fuktighetsendringer påvirker huleplasser og insektbytte.
5. Redusert reproduksjonsrate: Hunnene føder vanligvis ett unge hvert annet år, noe som sakter bestandsgjenoppretting.