Flaggermus er nattaktive vesener, mest aktive om natten. De fleste flaggermus sover om dagen for å unngå solens hete, som kan være dødelig for dem. De finner typisk et mørkt, kyst sted å sove, som en hule, trehull eller under en bro. Noen flaggermus danner store kolonier mens de sover; andre sover alene.
Ved å sove om dagen, sparer flaggermus energi og unngår rovdyere. De kan da dukke opp om natten for å jakte og søke mat. Noen flaggermus reiser lange avstander om natten, så de trenger dagsovn for å gjenvinne styrken sin.