Hvithodeørn står overfor:
- Habitattap fra hogst av skog og våtmarker
- Klimaendringer som påvirker mat og trekking
- Vannforurensning fra pestisider og tungmetaller
- Blyforgiftning fra ammunisjon og fiskeutstyr
- Menneskelig forstyrrelse nær reir
- Kollisjoner med kraftledninger, vindmøller og bygg
- Uløvlig jakt og forfølgelse
Bevaringsarbeid inkluderer habitatvern, reguleringer, forurensningskontroll, utdanning og overvåking.