Pygmy ugler spiser vanligvis en rekke små dyr, inkludert insekter, små gnagere og fugler. De er opportunistiske rovdyr og vil spise hva byttedyr er tilgjengelig.
Insekter utgjør en stor del av Pygmy Owls kosthold. De spiser en rekke insekter, inkludert biller, møll, krekling og gresshopper. Pygmy ugler spiser også små gnagere, for eksempel voles, mus og shrews.
Noen ganger vil Pygmy Owls spise småfugler. De vil typisk målrette seg mot små, forbipasserende fugler, som spurv, finker og kyllinger.