Flaggermus og papegøyer er klassifisert i forskjellige grupper fordi de har mange fundamentale evolusjonære forskjeller. Her er flere viktige grunner til at de er klassifisert separat:
Anatomi: En av de mest åpenbare forskjellene ligger i deres anatomiske trekk. Flaggermus er pattedyr med en unik skjelettstruktur, inkludert vinger dannet fra modifiserte forelimfer og finger sammenholdt av himler. Papegøyer, derimot, er fugler med nebb, forelimfer tilpasset flyving med fjær, og et distinkt skjelettsystem.
Reproduksjon: Flaggermus reproduksjon ved å føde levende unger etter graviditet, lignende andre pattedyr. De produserer melk og klassifiseres som levendefødende dyr. Papegøyer legger hardskallede egg og har ikke melkekirtler. De følger et eggleggende reproduksjonsmønster, typisk for fugler.
Lokomisjon: Bevegelsesmåten er også forskjellig mellom flaggermus og papegøyer. Flaggermus bruker primært vingene sine til å fly, noe som muliggjør dem å navigere i luften med stor manøvrerbarhet. De har spesielt utviklede flyveanpassninger som interdigital himler, eller patagium, som strekker seg mellom deres utvidede fingre. Papegøyer bruker sine vinger til flyving, men har også sterke føtter med gripetær som lar dem sitte på tregrener og overflater.
Kost: Flaggermus viser mangfoldige spisevaner. Noen arter er insektætende og lever hovedsakelig av insekter, mens andre kan være fruktætende, kjøttætende eller blodsuge. Papegøyer har en hovedsakelig herbivor kost, og spiser hovedsakelig frukt, nøtter, frø, og av og til insekter eller nektar avhengig av art.
Habitat: Flaggermus kan finnes i ulike miljøer, inkludert huler, skoger, og til og med byområder. Papegøyer, derimot, er godt tilpasset tropiske og subtropiske regioner, der de bor i tette skoger, buskland eller savanner.
Ekolokasjon: Flaggermus er berømte for sine unike ekolokasjonsevner. Deres stemmebånd sender ut høye frekvenser som reflekteres av objekter og returnerer til deres sensitive ører, og gir dem et detaljert akustisk bilde av omgivelsene, avgjørende for navigasjon og jakt i lavt lys eller fullstendig mørke. Papegøyer besitter ikke sanne ekolokasjonsevner.
Disse fundamentale forskjellene i anatomi, reproduksjon, lokomisjon, kost, habitat og ekolokasjonsevner gir sterke biologiske grunner for å klassifisere flaggermus og papegøyer i separate grupper innen dyrieriket.