Flaggermusspor ligner ikke på fuglespor. Flaggermusspor er typisk veldig små og viser fem lange, smale tær. Fuglespor er vanligvis større og viser fire tær, med den bakre tå kortere enn de tre frontale tær.
Et annet skillepregett er at flaggermusspor ofte inkluderer avtrykk av vingemembranet ved siden av tåmerkene. Fuglespor viser generelt ikke vingeavtrykk med mindre fuglen landet eller startet i mykt substrat.
Ved å undersøke tåantall, sporstørrelse og vingemerk, kan sporelettere pålitelig skille mellom flaggermus og fuglespor.