Huden til en skallet ørn er mørkebrun og fet, med et lag med fjær som hjelper til med å isolere den fra kulden. Det ytterste hudlaget, kalt overhuden, er sammensatt av et lag med døde celler som stadig blir kastet og erstattet. Dermis, eller mellomlaget i huden, inneholder blodkar, nerver og hårsekk. Det innerste hudlaget, det subkutane vevet, er sammensatt av fettceller som hjelper til med å holde ørnen varm.