Flaggermus puster som pattedyr. De har lunger og et midtredd, akkurat som mennesker, og puster luft gjennom munn og nese. Fugler har et annet respirasjonssystem med lunger, luftsekker og en syrinx, og de puster gjennom nebben.
Dette er en av de viktigste forskjellene som bekrefter at flaggermus er pattedyr, ikke fugler.