Harpyørnen har noen av de største klerene hos ørner, med bakekler opptil 13 cm (5 tommer) lange. Disse klerne utøver mer grepkraft enn noen annen levende ørn.
Klerne er store nok til å knuse små pattedyers kranier – en nødvendig tilpasning for jakt på slørdyr og aper i tretoppene.