Harpyie-ørner er toppredatorer på toppen av næringkjeden. På grunn av deres enorme størrelse og kraftige flyvning har de ingen naturlige fiender bortsett fra mennesker. De jakter store fugler, aper, sengetryggere og små til medium pattedyr, og bidrar til å opprettholde økologisk balanse i sine regnskogshabitater.