Guløyde pingviner står overfor flere trusler:
- Habitattap: kystutbygging og avskoging degraderer parrings- og mattingområder.
- Menneskelig forstyrrelse: båtfart, fiske og rekreasjon stresser parrende fugler.
- Rovdyr: innførte hermeler, rotter, hunder og katter raner reir og dreper pingviner.
- Sykdom: utbrudd spredes raskt i små bestander med begrenset genetisk mangfold.
- Klimaendringer: stigende havnivå, stormer og skiftende strømmer påvirker mat og reir.
- Bifangst: pingviner drukner i fiske nett.
- Konkurranse: fremmede arter konkurrerer om mat og reirplasser.
Å beskytte dem krever habitatbevaring, rovdykontroll, sykdomshåndtering og klimatiltak.