Imidlertid er det noen få ting som kan true dem:
* Større rovfugler: Selv om de ikke aktivt jakter fregattfugler, kan store fugler som ørn eller hauk potensielt bytte på kyllinger eller svekkede individer.
* mennesker: Menneskelig aktivitet, inkludert tap av habitat, forurensning og fiske bifangst, kan utgjøre en trussel for fregattfuglbestander.
* parasitter: Fregattfugler kan påvirkes av forskjellige parasitter som midd, lus og tarmorm.
* stormer og vær: Ekstreme værhendelser kan føre til skade eller død.
Totalt sett er fregattfugler veldig godt tilpasset miljøet og har få naturlige rovdyr. Deres viktigste trusler kommer fra menneskelig aktivitet og en og annen opportunistisk rovdyr.