Fregatfugler er nær toppen av næringkjeden og har få tradisjonelle rovdyre fordi de er store og flinke.
Potensielle trusler inkluderer:
* Større rovfugler: Ørner eller høker kan ta unger eller svekket individer.
* Mennesker: Habitattap, forurensning og bifangst ved fiske utgjør betydelige risikoer.
* Parasitter: Midd, lus og tarmparasitter kan påvirke helse.
* Stormer og vær: Ekstreme hendelser kan forårsake skade eller død.
Summarisk er fregatfugler veltilpasset, med de fleste trusler fra menneskelig aktivitet og tilfeldige rovdyre.