Kvælstof elimineres fra et dyres kropp primært gjennom ekskresjon. De hovedsakelige veiene inkluderer:
1. Urin
Nyrer filtrerer kvælstofholdige avfallsstoffer fra blodet og produserer urin. Ure, dannet i lever under proteinmetabolisme, og kreatinin, produsert fra muskelnedbrytning, er store kvælstofholdige komponenter i urin.
2. Avføring
Noen kvælstof forlater kroppen i fast avfall. Ufordøyd fiber, bakterielt materiale, og uabsorberte kvælstofholdige stoffer ekskreseres gjennom fordøyelseskanalen.
3. Utestede gasser
En liten mengde kvælstof kan mistes gjennom utånding. Ammoniakk produseres under proteinmetabolisme men konverteres vanligvis til ure i leveren; kun en liten brøkdel kan slippe ut gjennom lungene.
Urin er generelt den primære ruten for kvælstofekskresjon, spesielt hos dyr som forbruker proteinrike dieter.