Det estimeres at det finnes ca. 1 300 arter flaggermus i verden, med populasjoner som varierer sterkt etter art og region. Noen arter, som den vanlige dvergflaggermus, er utbredt og rikelig, mens andre, som Rodrigues fruktflaggermus, er kritisk truede med færre enn 10 individer igjen.
Et mer nøyaktig estimat ville kreve en omfattende undersøkelse av flaggermuspopulasjoner i hvert land og region, noe som er utfordrende fordi flaggermus er vanskelige å oppdage og telle. En slik undersøkelse ville gi verdifull informasjon for vernearabeid.